Terwijl de bevolking vrijwel geheel was geëvacueerd, werd het centrum van Yerseke op 16 mei 1940 voor een groot deel verwoest door een artilleriebeschieting vanaf Franse oorlogsschepen die op de Westerschelde lagen.

De kerk en toren werden zwaar getroffen. Van de kerk bleven de muren grotendeels overeind, verder was vrijwel alles verwoest en verbrand. Waardevolle elementen uit het interieur, zoals de wandborden met de Wetsartikelen en de Tien Geboden en 34 stuks houten kapbeeldjes (zie foto) uit de 15e eeuw, waren voorgoed verdwenen.
Van de toren was de spits verdwenen en waren de klokken en uurwerk in de vuurzee ten onder gegaan. Later bleek het casco van de toren zodanig gescheurd en ontzet, dat volledige afbraak de enige juiste oplossing was.
Het duurde tot 1943 voor er een aanvang werd gemaakt met uitvoerende werkzaamheden om het gebouw voor verder verval te bewaren. Daadwerkelijke restauratie en herbouw vond plaats in de jaren na de oorlog.
In 1948 kon de kerk weer in gebruik worden genomen. Groot inspirator en aanjager van de wederopbouw was de toenmalige predikant, ds. M. Bons die de wederopbouw helaas niet meer mee mocht maken nadat hij in 1943 plotseling overleed. Een gedenksteen in de consistorie (zie foto) herinnert daaraan. 

Op 9 april 1952 werd, nadat enige jaren een harmonium de gemeentezang had begeleid, een nieuw orgel in gebruik genomen van de firma Flentrop te Zaandam. Meer informatie over dit orgel kunt u hier lezen. 

Gedurende de jaren 1975 – 1976 zijn belangrijke activiteiten ontplooid. Aan de westzijde is toen een uitbreiding tot stand gekomen, een in baksteen uitgevoerd gebouw van ca. 6 bij 18 meter die als wandelkerk een uitstekende toevoeging van de ruimte betekent. Verder een bijpassend entreeportaal. Vanaf die tijd is zodoende de hoofdingang aan de westzijde gesitueerd. Na het gereedkomen van de uitbreiding is het orgel naar de nieuwe westwand verplaatst. Verder is er een liturgisch centrum ontworpen en is de ruimte opnieuw ingericht. Met de herbouw is de warme uitstraling en sfeer van het Middeleeuwse kerkgebouw volledig verloren gegaan. Wat er aan oude elementen rest, zijn enkele voor het merendeel gehavende grafstenen en een bijzonder stenen doopvont, ruim 100 jaar geleden opgevist uit de Oosterschelde op de plaats waar vroeger de stad Reymerswael heeft gelegen.